新型農(nóng)村合作醫(yī)療基金是由農(nóng)民自愿繳納、集體扶持、政府資助的民辦公助社會性資金，要按照以收定支、收支平衡和公開、公平、公正的原則進(jìn)行管理，必須?？顚Ｓ?，專戶儲存，不得擠占挪用。

　　根據(jù)《國務(wù)院辦公廳轉(zhuǎn)發(fā)衛(wèi)生部等部門關(guān)于建立新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度意見的通知》(國辦發(fā)[2003]3號)規(guī)定，新型農(nóng)村合作醫(yī)療制度實(shí)行個人繳費(fèi)、集體扶持和政府資助相結(jié)合的籌資機(jī)制。

　　農(nóng)村合作醫(yī)療基金中農(nóng)民個人繳費(fèi)及鄉(xiāng)村集體經(jīng)濟(jì)組織的扶持資金，原則上按年由農(nóng)村合作醫(yī)療經(jīng)辦機(jī)構(gòu)在鄉(xiāng)(鎮(zhèn))設(shè)立的派出機(jī)構(gòu)(人員)或委托有關(guān)機(jī)構(gòu)收繳，存入農(nóng)村合作醫(yī)療基金專用賬戶;地方財政支持資金，由地方各級財政部門根據(jù)參加新型農(nóng)村合作醫(yī)療的實(shí)際人數(shù)，劃撥到農(nóng)村合作醫(yī)療基金專用賬戶;中央財政補(bǔ)助中西部地區(qū)新型農(nóng)村合作醫(yī)療的專項資金，由財政部根據(jù)各地區(qū)參加新型農(nóng)村合作醫(yī)療的實(shí)際人數(shù)和資金到位等情況核定，向省級財政劃撥。